Beschreibung des Wappens: In Blau ein gestürzter goldener Schlüssel, beiderseits und unten je ein sechsstrahliger silberner Stern.

Der Inhalt des Hoheitszeichen ist wie folgt zu begründen: In Wittesheim ist ein spätmittelalterliches Ortsadelgeschlecht nachweisbar, das zur Ministerialität der Grafen von Graisbach gehörte. Das Wappen der Herren von Wittesheim zeigt drei sechsstrahlige Sterne. Zusammen mit einem Schlüssel, dem Attribut des Wittesheimer Kirchenpatrons St. Emmeran, dokumentiert dieses Wappenbild die geschichtliche Entwicklung des Ortes und ergibt ein charakteristisches Hoheitszeichen für die Gemeinde. Die Farben Gold - Blau bzw. Silber - Blau erinnern an die Grafschaft Graisbach bzw. das Fürstentum Pfalz-Neuburg, zu denen Wittesheim gehörte.

Wittesheim ist eine sehr frühe Dorfgründung, denn es ist nachgewiesen, dass bereits in den Jahren zwischen 1057 und 1075 die Ortskirche von Bischof Gundekar von Eichstätt geweiht worden ist. Von 1080 bis 1400 war Wittesheim Adelssitz. Im Jahr 1150 wirbt in Traditionskudes des Klosters Schäftlarn ein Reginboto von Wittesheim genannt.